Institute of Computer Science Pattern Recognition and Bioinformatics

Stefan Posch: Lehre

Angewandte Bioinformatik mit Perl und R

Übungsaufgaben

Übung 1   [pdf] Übung 2   [pdf] FastA-Beispiel dna.txt RNAtoAS.txt rna.txt Übung 3   [pdf] Übung 4   [pdf] Übung 5   [pdf] genseq.fasta Übung 6   [pdf] Achtung: In BioPerl 1.4 implementiert SeqFeatureI noch nicht AnnotatableI. Darum muss in Aufgabe 2 nur Start und Ende der überlappenden Sequenzen ausgegeben werden. In Aufgabe drei bietet es sich an, mit ref() zu schauen, welche Klasse die LocationI-Objekte eines CDS-Features instanziieren und dann für die entsprechende Klasse die BioPerl Doku zu lesen. Übung 7   [pdf] sequence.fasta RemoteBlast.pm Achtung: Dieses RemoteBlast und nicht das Bio::Tools::Run::RemoteBlast verwenden. Einbinden mit use RemoteBlast; Übung 8   [pdf] Übung 9   [pdf] mtcars.txt Übung 10   [pdf] golub-data.rdb golub-description.rdb Übung 11   [pdf] Übung 12   [pdf] Golub et al., 1999 Übung 13   [pdf] Übung 14   [pdf]

Folien

Vorlesung 1 und 2 [pdf] Vorlesung 3 [pdf] Vorlesung 4 [pdf] Achtung: Die Vorlesung am 02. November findet in HS 3.04 statt. Vorlesung 5 [pdf] Vorlesung 6 [pdf] Vorlesung 7 [pdf] Vorlesung 8 [text] Vorlesung 9 [text] Vorlesung 10 [text] Vorlesung 11 Bioconductor Workshop (pdf) Vorlesung 13 Cluster Analysis in DNA Microarray Experiments (Bioconductor Workshop) (pdf) Machine Learning wiht Bioconductor (Bioconductor Workshop) (pdf) Vorlesung 13 Bioconductor Workshop (power point)

Literatur und Material

Larry Wall, Tom Christiansen, Job Orwant: Programming Perl, O'Reilly (Kompendium) James Tisdall: Beginning Perl for bioinformatics, O'Reilly (absolute Grundlagen, einfache Beispiele) Tutorials und HowTos auf www.bioperl.org Die R Homepage http://www.r-project.org/ R reference card R Einführung von der R Homepage Folien R Einführung von der Bioconductor Homepage