Institute of Computer Science Pattern Recognition and Bioinformatics

Stefan Posch: Lehre

Angewandte Bioinformatik mit Perl und R

Übungsaufgaben

Übung 1   [pdf] Übung 2   [pdf] FastA-Beispiel dna.txt RNAtoAS.txt rna.txt Übung 3   [pdf] Übung 4   [pdf] Übung 5   [pdf] genseq.fasta Übung 6   [pdf] Übung 7   [pdf] sequence.fasta Übung 8   [pdf] Übung 9   [pdf] mtcars.txt Übung 10   [pdf] golub-data.rdb golub-description.rdb Übung 11   [pdf] Übung 12   [pdf] Golub et al., 1999 Übung 13   [pdf]

Folien

Vorlesung 1 [pdf] Vorlesung 2 [pdf] Vorlesung 3 [pdf] Vorlesung 4 [pdf] Vorlesung 5 [pdf] Vorlesung 6 [pdf] Vorlesung, gesamter Perl-Teil (1-7) [pdf] Vorlesung 8 [text] Vorlesung 9 [text] Vorlesung 10 [text] Vorlesung 11 Affymetrix Bioconductor-Workshop [pdf] Vorlesung 13 Bioconductor-Workshop Clustern[pdf], k-Means[pdf] Vorlesung 14 Bioconductor-Workshop [pdf]

Literatur und Material

Larry Wall, Tom Christiansen, Job Orwant: Programming Perl, O'Reilly (Kompendium) James Tisdall: Beginning Perl for bioinformatics, O'Reilly (absolute Grundlagen, einfache Beispiele) Tutorials und HowTos auf www.bioperl.org Die R Homepage http://www.r-project.org/ R reference card R Einführung von der R Homepage Folien R Einführung von der Bioconductor Homepage